یکی از مزیت‌های کمتر دیده‌شدهٔ صندوق‌های طلا، ساختار کارمزد و مالیاتی آن‌هاست که مستقیماً روی بازده استراتژی‌های فعال اثر می‌گذارد.
فروش سهام عادی در بورس مشمول مالیات نقل‌وانتقال است، اما معاملهٔ واحدهای صندوق‌های قابل معامله (ETF) از جمله صندوق‌های طلا، از این مالیات معاف است. این معافیت به‌خصوص برای استراتژی‌هایی که گردش معاملاتی بالایی دارند — مانند آربیتراژ — اهمیت زیادی دارد.
کارمزد خرید و فروش واحدهای ETF نیز از سهام عادی کمتر است. در استراتژی‌هایی که سود هر معامله کوچک اما تعداد معاملات زیاد است، همین تفاوتِ به‌ظاهر کوچکِ کارمزد می‌تواند تفاوت میان سود و زیان باشد.
به همین دلیل، در محاسبهٔ نرخ‌ها و فرصت‌های آربیتراژ، کارمزد واقعیِ هر سمتِ معامله به‌دقت لحاظ می‌شود — چون یک فرصت جذاب روی کاغذ، ممکن است پس از کسر کارمزد اصلاً فرصتی نباشد.